Conforme a Constituição da República Federativa de Brasil de 1988, são de domínio da União os corpos d'água que provém ou constituem limite com território estrangeiro, aqueles que banham mais de uma Unidade da Federação e aqueles localizados em terras da União. O mapeamento também compreende os reservatórios resultantes de obras da União.

No intuito de priorizar as ações de gestão nas áreas com comprometimento quantitativo e/ou qualitativo, foi realizado um estudo pela ANA, em 2012, para identificação de corpos de água críticos (principalmente nos rios federais), considerados de especial interesse para a gestão de recursos hídricos. A metodologia utilizada nesse estudo está descrita na Nota Técnica Conjunta ANA nº 02/2012/SPR/SRE, onde os trechos identificados foram classificados em diferentes tipologias. A lista completa dos trechos de especial interesse para a gestão de recursos hídricos, identificados em corpos hídricos de domínio da União segundo o balanço hídrico quali-quantitativo, consta na Portaria da ANA nº 62, de 26 de março de 2013. Um estudo de refinamento de dados nas bacias críticas foi iniciado em 2014 e concluído em 2016. Os objetivos foram refinamento das demandas, da hidrologia e da qualidade da água nessas bacias.

A coletânea de Mapas Temáticos do Domínio dos Corpos Hídricos Superficiais apresenta todos os cursos d'água de domínio da União e aqueles localizados em terras de domínio da União, assim como os espelhos d'água de domínio da União e aqueles resultantes de obras da União, adotando como recorte territorial a divisão do Brasil em Unidades da Federação.