O Programa Nacional de Fortalecimento dos Comitês de Bacias Hidrográficas – Procomitês, instituído pela Resolução ANA nº 1.190/2016, foi criado para promover o aprimoramento dos comitês de bacia hidrográfica dos estados e do Distrito Federal. Esses comitês integram o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos - SINGREH, e constituem o espaço de representação das comunidades das bacias hidrográficas, com prerrogativas de deliberar acerca dos instrumentos da Política Nacional de Recursos Hídricos - PNRH, em consonância com os fundamentos da descentralização e da participação estabelecidos na Lei nº 9.433/1997.

A Agência Nacional de Águas, em parceria com o estado de Alagoas, conduziu estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico da Região Metropolitana de Maceió (RMM), onde o manancial subterrâneo é a principal fonte de água para abastecimento humano. Na região, há comprometimentos qualitativos (salinização pela intrusão da cunha salina) decorrentes da explotação desordenada das águas subterrâneas. O projeto, concluído em 2011, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pelo consórcio PROJETEC/TECHNE.

Os Comitês de Bacias Hidrográficas (CBHs), que são considerados Parlamentos das Águas, têm como objetivo a gestão participativa e descentralizada dos recursos hídricos por meio da implementação dos instrumentos técnicos de gestão, da negociação de conflitos e da promoção dos usos múltiplos da água na bacia hidrográfica. Os comitês devem integrar as ações de todos os governos, seja no âmbito dos municípios, dos estados ou da União, promover a conservação e a recuperação dos corpos d'água e garantir a utilização racional e sustentável dos recursos hídricos. Existem comitês de bacias estaduais, interestaduais e comitês únicos (quando tanto as bacias estaduais e interestaduais apresentam uma única instância deliberativa).

A Agência Nacional de Águas, em parceria com o estado do Rio Grande do Norte, conduziu estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico da Região Metropolitana de Natal (RMN). O estudo foi demandado em razão da grande incidência de contaminação por nitrato nas águas subterrâneas da região. O projeto, concluído em 2012, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pela consultora Servmar Ambiental & Engenharia. As avaliações realizadas sintetizam que os principais problemas que comprometem as reservas hídricas subterrâneas da RMN estão associadas à clandestinidade de poços e aos baixos índices de coleta e tratamento de esgotos sanitários.

O enquadramento dos corpos d'água, conforme a Política Nacional de Recursos Hídricos (Lei nº 9.433/1997) busca assegurar às águas qualidade compatível com os usos mais exigentes a que forem destinadas e diminuir os custos de combate à poluição das águas, mediante ações preventivas permanentes. Representa um instrumento de gestão dos recursos hídricos que visa alcançar ou manter a qualidade das águas de um corpo hídrico para atender aos usos desejados pela sociedade.