A Agência Nacional de Águas, em parceria com o estado de Alagoas, conduziu estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico da Região Metropolitana de Maceió (RMM), onde o manancial subterrâneo é a principal fonte de água para abastecimento humano. Na região, há comprometimentos qualitativos (salinização pela intrusão da cunha salina) decorrentes da explotação desordenada das águas subterrâneas. O projeto, concluído em 2011, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pelo consórcio PROJETEC/TECHNE.

Os Estudos Hidrogeológicos para a Gestão das Águas Subterrâneas da Região de Belém/PA abrangem seis municípios da região metropolitana de Belém (Belém, Ananindeua, Marituba, Benevides, Santa Bárbara do Pará e Santa Izabel do Pará) cobrindo uma superfície de 2.536 km². Esses municípios são abastecidos pelas águas subterrâneas dos sistemas aquíferos Barreiras e Pirabas, além de mananciais superficiais da região. Este levantamento multidisciplinar permitiu a ampliação do conhecimento hidrogeológico que em conjunto com as avaliações dos usos da água e da urbanização subsidiou a elaboração da proposta de um Plano de Gestão de Águas Subterrâneas. Os resultados apontaram para uma excelente potencialidade dos sistemas aquíferos, especialmente do Pirabas Inferior, com reservas hídricas subterrâneas totais da ordem de 67 bilhões de m³. Entretanto, os níveis d´água rasos na parte superior do Sistema Aquífero Barreiras apontam uma vulnerabilidade natural à contaminação alta à área, desencadeando em uma classificação de elevado perigo à contaminação nas áreas mais intensamente urbanizadas de Belém e Ananindeua e nos distritos industriais. O plano de gestão das águas subterrâneas proposto se estrutura em cinco componentes (Planejamento e Gestão; Fortalecimento Institucional; Monitoramento; Proteção e Conservação e Intervenções Estruturais) que reúnem ações propostas e projetos que devem ser implementados pelo estado para a gestão sustentável dos recursos hídricos da região.

A Agência Nacional de Águas, em parceria com o estado do Rio Grande do Norte, conduziu estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico da Região Metropolitana de Natal (RMN). O estudo foi demandado em razão da grande incidência de contaminação por nitrato nas águas subterrâneas da região. O projeto, concluído em 2012, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pela consultora Servmar Ambiental & Engenharia. As avaliações realizadas sintetizam que os principais problemas que comprometem as reservas hídricas subterrâneas da RMN estão associadas à clandestinidade de poços e aos baixos índices de coleta e tratamento de esgotos sanitários.