A Agência Nacional de Águas realizou estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico do Sistema Aquífero Amazonas no Brasil (SAAB), o maior do país e um dos maiores do mundo. O SAAB é constituído pelos sedimentos cretáceos a cenozoicos de natureza arenosa, siltosa e argilosa que recobrem as províncias hidrogeológicas do Amazonas e Orinoco, tratando-se de um sistema aquífero transfronteiriço que ocupa áreas da Bolívia, Brasil, Colômbia, Equador, Peru e Venezuela. No Brasil possui área de 2 milhões de km², nos estados do Acre, Amapá, Amazonas, Pará, Rondônia e Roraima, com reserva permanente estimada de 124 mil km³, situando-se nas bacias sedimentares do Marajó, Amazonas, Solimões e Acre. As principais unidades hidrogeológicas que formam o SAAB são Alter do Chão, Solimões, Içá, Jazida da Fazendinha e Javari. O projeto, concluído em 2015, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pelo consórcio TECHNE-PROJETEC.

A Agência Nacional de Águas, em parceria com o estado do Rio Grande do Norte, conduziu estudos para ampliar o conhecimento hidrogeológico da Região Metropolitana de Natal (RMN). O estudo foi demandado em razão da grande incidência de contaminação por nitrato nas águas subterrâneas da região. O projeto, concluído em 2012, foi conduzido pela Agência Nacional de Águas e executado pela consultora Servmar Ambiental & Engenharia. As avaliações realizadas sintetizam que os principais problemas que comprometem as reservas hídricas subterrâneas da RMN estão associadas à clandestinidade de poços e aos baixos índices de coleta e tratamento de esgotos sanitários.

Áreas classificadas de acordo com as estimativas do escoamento de base (contribuição dos aquíferos na vazão dos rios) nas bacias dos rios Paranapanema, Grande e São Francisco. A avaliação foi feita a partir de dados hidrológicos e hidrogeológicos, utilizando relações entre vazões mínimas e médias (relação Q7/Qmlt) em estações fluviométricas selecionadas.