O Índice de Qualidade de Água (IQA) médio anual de um ponto de monitoramento é calculado a partir da média dos valores do índice obtidos nas medições realizadas naquele ponto durante o ano. Os valores de IQA calculados correspondem aos dados das próprias entidades responsáveis pelo monitoramento nas Unidades da Federação, em virtude das variações entre as fórmulas utilizadas para o cálculo, com o intuito de uniformizar a forma de cálculo do IQA e tornar os valores comparáveis para todo o território nacional.

O Índice de Estado Trófico (IET), calculado com base no fósforo total monitorado, é utilizado para classificar corpos hídricos lóticos (rios e córregos) e lênticos (açudes, lagos e reservatórios) quanto ao potencial de ocorrência da eutrofização, em diferentes níveis de trofia.