As Terras Indígenas e as Unidades de Conservação constituem áreas protegidas. A gestão dos recursos hídricos localizados em Terras Indígenas e em Unidades de Conservação de posse e domínio públicos é competência da União. Assim, são considerados, como de domínio da União, os trechos de cursos d'água e espelhos d'água localizados em Terras Indígenas, Estações Ecológicas, Reservas Biológicas, Parques Nacionais, Reservas da Fauna, Florestas Nacionais, Reservas Extrativistas e Reservas de Desenvolvimento Sustentável.