São 5 os instrumentos de gestão dos recursos hídricos previstos na Política Nacional de Recursos Hídricos. Eles visam oferecer mecanismos e organizar a gestão por meio de ações de planejamento, regulação, fiscalização e divulgação de informações. Há um inter-relacionamento entre os instrumentos e, em alguns casos, uma dependência entre eles, como por exemplo, com a cobrança pelo uso dos recursos hídricos que requer a existência do plano de recursos hídricos da bacia para sua posterior implementação e, a concessão de outorga de direito de uso dos recursos hídricos, que requer a observação da classe de enquadramento do corpo d’água antes de ser emitida. O cadastro de usuários e a fiscalização são ações para regularização dos usos que impactam especialmente na outorga e na cobrança. Tudo deve estar acessível em sistema de informações estruturado e atualizado.

Pode-se inferir o quão avançada está uma bacia em relação a outra a partir da implementação e do nível de funcionamento dos instrumentos de gestão em seu território, e da estrutura e dinâmica de participação dos entes e atores do SINGREH, que promovem e atuam para desenvolver a gestão na bacia hidrográfica. A implementação de alguns instrumentos depende da existência prévia de outros, fornecendo base técnica para a consolidação, estruturação e funcionamento. Como exemplo, os planos de recursos hídricos dependem da existência de comitês para sua elaboração, aprovação e acompanhamento posterior durante a fase de implementação. Estes, por sua vez, são documentos estratégicos que fornecem diretrizes para a implementação dos outros instrumentos e demais ações, conferindo maior eficácia à gestão.